⊙기획재정부공고제2019-151호
「조세특례제한법」을 개정하는 데에 있어, 그 개정이유와 주요내용을 국민에게 미리 알려 이에 대한 의견을 듣기 위하여 행정절차법 제41조에 따라 다음과 같이 공고합니다.
2019년 7월 26일
기획재정부장관
조세특례제한법 일부개정법률(안) 입법예고
1. 개정이유
투자활성화를 통한 경제활력 회복을 위하여 창업중소기업 등에 대한 세액감면 대상 업종을 확대하고, 설비투자자산의 감가상각비 손금산입 특례 적용기한을 연장하며, 4차산업시대 혁신성장을 지원하기 위하여 신성장동력·원천기술 연구개발비에 대한 세액공제액의 이월기간을 확대하고, 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 비과세 한도를 상향하는 한편,
일자리 창출 및 취약계층 고용 확대를 위하여 상생형 지역일자리에 참여하는 중소·중견기업에 대한 투자세액공제를 확대하고, 경력단절 여성의 재취업에 대한 세제지원을 확대하며, 서민·중산층 지원을 위하여 신용카드 등 사용금액에 대한 소득공제 적용기한을 연장하고, 근로장려금 최소지급액을 인상하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선·보완하려는 것임.
2. 주요내용
< 중소기업에 대한 조세특례 >
가. 지역일자리 창출을 지원하기 위하여 상생형 지역일자리에 참여하는 중소·중견기업이 사업용자산에 투자하는 경우 투자세액공제의 공제율을 100분의 3에서 100분의 10(중견기업은 100분의 1또는 100분의 2에서 100분의 5)으로 인상하고, 지역균형발전을 위하여 규제자유특구에서 규제자유특구사업자에 해당하는 중소·중견기업이 사업용자산에 투자하는 경우 투자세액공제의 공제율을 100분의 3에서 100분의 5(중견기업은 100분의 1 또는 100분의 2에서 100분의 3)로 인상함.
나. 서비스업에 대한 세제지원을 확대하기 위하여 수도업, 환경 정화 및 복원업, 회사 본부 및 경영컨설팅 서비스업 등을 창업중소기업 등에 대한 세액감면 적용 대상 업종에 추가함.
다. 대·중소기업 상생협력을 위한 기금 등의 출연금 세액공제 대상에 중소기업 사내근로복지기금 및 중소기업 공동근로복지기금 출연금을 추가하고, 대·중소기업 상생협력을 위한 기금 등의 출연금에 대한 세액공제, 협력중소기업에 유형고정자산을 무상으로 임대하는 경우에 대한 세액공제 및 수탁기업에 설치하는 시설 투자금액에 대한 세액공제의 적용기한을 2022년 12월 31일까지로 3년 연장함.
< 연구 및 인력개발에 대한 조세특례 >
라. 위탁·공동연구비용에 대해 연구·인력개발비 세액공제를 인정하지 않는 서비스연구개발 활동의 범위를 전체 서비스연구개발 활동에서 과학기술분야와 결합되어 있지 않은 서비스연구개발활동으로 축소함.
마. 신성장동력 분야의 연구개발비와 원천기술을 얻기 위한 연구개발비로 별도로 규정할 실익이 크지 않은 점을 감안하여 신성장동력 원천기술 연구개발비의 명칭을 신성장원천기술 연구개발비로 변경함.
바. 연구 인력개발비 중 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 에 따라 과학기술정보통신부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서와 문화산업진흥기본법 에 따라 문화체육관광부장관의 인정을 받은 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서가 인정 취소된 경우 연구 인력개발비 세액공제가 배제되는 시점을 명시함.
사. 중소기업창업투자회사 등이 유상증자시 증자대금을 납입하면서 엔젤투자자가 보유하던 구주를 취득하는 경우에도 양도차익 등 비과세 특례를 적용함.
아. 내국법인이 벤처기업 등에 출자시 출자금액의 5퍼센트를 세액공제하는 특례의 적용기한을 2022년 12월 31일까지로 3년 연장함.
자. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제117조의10에 따라 온라인 소액투자중개의 방법으로 모집하는 창업 후 3년 이내의 중소기업에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분에 대해서도 양도소득세 비과세 특례를 적용함.
차. 중소기업창업투자조합 출자 등에 대하여 출자일 또는 투자일이 속하는 과세연도에 소득공제하도록 소득공제 시기를 명확히 함.
카. 벤처기업 우수 인재 유입 촉진을 위하여 주식매수선택권 행사이익 비과세 특례의 한도액을 2천만원에서 3천만원으로 상향함.
타. 조세감면의 목적달성 여부를 진단하고 제도의 운영성과를 면밀히 평가하기 위하여 벤처기업 주식 매수선택권 행사이익 및 산업재산권 현물출자 이익에 대하여 과세이연 받을 수 있는 특례의 적용기한을 2020년 12월 31일까지로 신설함.
파. 해외거주 우수 내국인 인재의 국내 복귀를 지원하기 위하여 국외에서 5년 이상 거주하면서 연구 및 기술개발 경험을 가진 내국인 우수 인력이 국내 연구기관 등에 취업하여 받는 근로소득에 대하여 소득세의 50퍼센트를 감면함.
< 투자촉진을 위한 조세특례 >
하. 투자 촉진을 위하여 특정시설 투자 등에 대한 세액공제 중 생산성향상시설 투자에 대한 세액공제율을 2020년 12월 31일까지 100분의 1에서 100분의 2(중견기업의 경우 100분의 3에서 100분의 5, 중소기업의 경우 100분의 7에서 100분의 10)로 상향하고, 안전설비 및 생산성향상시설 투자에 대한 세액공제 적용기한을 2021년 12월 31일까지로 2년 연장하며, 국민 안전과 직접적 관련성이 적은 시설을 안전설비 세액공제 대상에서 제외함.
거. 영상콘텐츠 산업 지원을 위하여 영상콘텐츠 제작비용에 대한 세액공제 적용기한을 2020년 12월 31일까지로 1년 연장하고, 공제율을 100분의 3에서 100분의 1(중견기업은 100분의 7에서 100분의 3, 중소기업은 100분의 10에서 100분의 7)로 조정함.
너. 설비투자자산의 감가상각비 손금산입 특례 적용기한을 2020년 6월 30일까지로 6개월 연장함.
< 고용지원을 위한 조세특례 >
더. 경력단절 여성 재고용·재취업 지원 제도의 실효성을 제고하기 위하여 경력단절 인정 사유에 결혼 및 자녀교육을 추가하고, 재취업 기한 및 대상기업을 퇴직 후 3년 이상 10년 미만의 기간 이내에 동일한 기업에서 퇴직 후 3년 이상 15년 미만의 기간 이내에 동일한 업종의 기업으로 확대함.
러. 중소기업 핵심인력 성과보상기금의 공제사업에 가입하여 공제금 수령액에 대한 소득세 감면 적용시, 청년내일채움공제에 가입하여 만기까지 납입한 후 내일채움공제에 연계하여 납입하는 경우에는 5년의 납입기간 요건을 판단할 때 청년내일채움공제에 가입하여 납입한 기간을 합산하여 계산함.
머. 고용을 증대시킨 기업의 세액공제금액을 계산할 때 청년 등 상시근로자 증가 인원 및 그 외 상시근로자 증가 인원은 전체 상시근로자 수 증가 인원을 한도로 함을 명확히 규정하고, 상시근로자 수가 감소하여 공제받은 세액을 추징하는 경우 감소인원 계산 시 적용되는 기준연도를 공제받은 직전 과세연도에서 공제받은 과세연도로 변경함.
버. 비정규직 근로자의 정규직 전환을 지원하기 위하여 기간제근로자 등을 정규직으로 전환한 경우 중소·중견기업에 적용하는 세액공제의 적용기한을 2020년 12월 31일까지로 1년 연장하고, 전환대상자를 2018년 11월 30일 당시 고용하고 있는 기간제근로자 등에서 2019년 6월 30일 당시 고용하고 있는 기간제근로자 등으로 변경함.
< 기업구조조정을 위한 조세특례 >
서. 창업자금 운용의 탄력성 제고를 위하여 창업자금 증여세 특례 적용 요건인 창업 및 자금사용의무기한을 각각 1년씩 확대함.
어. 2022년 1월 1일 이후 발생하는 현물출자등에 따른 양도차익에 대해 4년 거치 3년 분할납부하도록 과세특례 방식을 변경하고, 해당 과세특례 적용기한을 2024년 12월 31일까지로 함.
< 지역 간의 균형발전을 위한 조세특례 >
저. 농지 등 현물출자 시 감면되는 양도소득세는 현물출자한 자산에 담보된 채무 중 법인이 인수하는 채무가액에 상당하는 소득을 제외함을 명확히 함.
처. 어업용 토지 등과의 형평성 제고를 위하여 자경농민이 영농자녀에게 농지, 어업용 토지 등을 증여한 경우 증여세를 100퍼센트 감면하고 있는 특례를 염전에 대해서도 동일하게 적용하도록 함.
< 공익사업지원을 위한 조세특례 >
커. 수익사업에서 발생한 소득의 전부를 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있는 과세특례의 적용기한을 2022년 12월 31일까지로 3년 연장함.
터. 박물관 등의 이전을 위하여 종전시설을 양도함에 따라 발생하는 양도소득세 과세특례를 3년 거치 3년 분할납부에서 2년 거치 2년 분할 납부로 축소하고 적용기한을 2022년 12월 31일까지로 3년 연장함.
퍼. 행정중심복합도시·혁신도시에 대한 수용이 완료되어 세제지원을 유지할 필요성이 적으므로 행정중심복합도시·혁신도시 내의 공장시설을 지방으로 이전하는 기업에 대한 소득세·법인세 감면제도를 폐지함.
허. 장애인 등 취약계층의 고용안정을 지원하기 위하여 사회적기업 및 장애인 표준사업장에 대한 소득세·법인세 감면제도의 적용기한을 2022년 12월 31일까지로 3년 연장하고, 취약계층에 대한 고용이 확대되도록 취약계층 상시근로자 수를 기준으로 하는 감면한도를 신설함.
고. 공익사업 시행을 위한 수용으로 2년 이상 가동한 공장을 이전함에 따라 발생하는 양도차익에 대한 법인세 및 소득세 과세특례를 3년 거치 3년 분할 과세에서 5년 거치 5년 분할 과세로 확대하고, 중소기업 투자활성화를 위하여 중소기업이 10년(산업단지는 3년) 이상 가동한 공장을 이전함에 따라 발생하는 양도차익에 대한 법인세 및 소득세를 3년 거치 3년 분할 과세하는 특례를 2년 이상 가동한 공장으로 대상을 확대하고 양도차익에 대한 법인세 및 소득세 분할과세기간을 5년 거치 5년 분할 과세로 확대함.
< 저축 지원을 위한 조세특례 >
노. 노후 대비 필요성이 큰 50세 이상 거주자의 연금계좌 납입액에 대해서는 세액공제 한도를 200만원 추가함.
도. 서민 주택마련자금 지원을 위하여 주택청약종합저축 등 소득공제의 적용기한을 2024년 12월 31일까지로 3년 연장함.
로. 취약계층 지원취지를 감안하여 직전 3개 과세기간 내 1회 이상 금융소득 종합과세 대상자인 경우에 비과세종합저축에 가입을 제한하고, 적용기한을 2020년 12월 31일까지로 1년 연장함.
모. 경정 등의 청구기간이 5년인 점을 감안하여 세금우대저축자료 집중기관의 세금우대저축자료 보유기간을 현행 해지된 다음 연도부터 3년에서 해지된 다음 연도부터 5년으로 연장함.
< 국민생활의 안정을 위한 조세특례 >
보. 주택 임대사업자 등록 유도 및 소형주택 임대 공급 안정화를 위하여 소형주택 임대사업자에 대한세액감면 적용기한을 2022년 12월 31일까지로 3년 연장하고, 2021년부터 감면율을 100분의 30에서 100분의 20(장기일반민간임대주택 등의 경우 100분의 75에서 100분의 50)으로 조정함.
소. 공모부동산투자회사에 토지나 건물을 현물출자하는 경우 현물출자로 발생한 양도차익의 과세를 이연하는 특례의 적용기한을 2022년 12월 31일까지로 3년 연장함.
오. 영세개인사업자의 재기를 지원하기 위하여 사업자가 폐업한 후 사업을 재개하여 1개월 이상 사업을 계속하거나 3개월 이상 취업 하는 경우 무재산 등의 사유로 징수할 가능성이 없는 체납액에 대하여 가산금을 면제하고 5년의 범위 안에서 해당 체납액을 분할납부하도록 허용함.
조. 위기지역 창업을 통한 경제활성화를 지원하기 위하여 고용위기지역이나 산업위기대응특별지역 등에서 창업하거나 사업장을 신설한 기업에 대한 소득세·법인세 감면제도를 5년간 100퍼센트 감면에서 5년간 100퍼센트를 감면하고 그 이후 2년간 50퍼센트를 감면하도록 확대함.
< 근로·자녀 장려를 위한 조세특례 >
초. 거주자의 배우자 및 직계존속의 배우자에 해당하는지 여부를 가족관계등록부에 따르도록 하고, 홑벌이 가구의 범위를 배우자 없이 70세 이상의 직계존속이 있는 가구까지 확대함.
코. 총급여 400만원 미만 단독가구, 700만원 미만 홑벌이가구 및 800만원 미만 맞벌이가구에 대해 근로장려금 최소지급액을 3만원에서 10만원으로 인상함.
토. 상반기 근로장려금 신청의 경우 해당 소득세 과세기간이 속하는 연도의 8월 25일부터 9월 10일까지, 하반기 근로장려금 신청의 경우 해당 소득세 과세기간이 속하는 연도의 다음 연도 2월 25일부터 3월 10일까지를 반기 근로장려금 신청기간으로 함.
포. 하반기 근로장려금을 환급하는 경우 정산 시 환수될 것으로 예상되는 경우 하반기 근로장려금을 환급하지 않도록 함.
호. 반기 근로장려금을 신청 시 해당 소득세 과세기간의 자녀장려금을 신청한 것으로 의제함.
< 그 밖의 직접국세 특례 >
구. 투자 상생협력 촉진을 위한 과세특례 적용대상에서 비영리법인 및 유동화전문회사 등을 제외함.
누. 해운기업의 법인세 과세표준 계산 시 선박톤수 및 운항일수를 기준으로 과세표준을 계산할 수 있도록 하는 특례의 적용기한을 2024년 12월 31일까지로 5년 연장함.
< 간접국세에 대한 특례 >
두. 대학생들의 주거비 부담완화를 위하여 2015년 1월 1일부터 2022년 12월 31일까지 실시협약을 체결한 행복기숙사가 공급하는 기숙용역 및 행복기숙사가 학교 등으로부터 공급받는 시설관리운영권에 대한 부가가치세를 면제함.
루. 농어민등이 천재지변 등 불가피한 사유로 면세유 관련 변동신고 또는 서류제출을 하지 아니한 경우에는 면세유 사용금지 대상에서 제외하고, 2년간 면세유 판매실적이 없는 면세유류 판매업자에 대하여 면세유 판매업자 지정을 취소할 수 있도록 하며, 지정취소된 면세유류 판매업자는 지정 취소일로부터 2년간 재지정 신청을 할 수 없도록 하고, 면세유류 관리기관이 행정기관 등에 농어민이 보유한 화물자동차의 자동차등록번호, 자동차등록의 신규 이전 변경 말소에 관한자료제출을 요청할 수 있는 근거를 마련함.
무. 일반택시 운송사업자의 부가가치세 경감세액 미지급 관련 이자상당액 계산 시 적용되는 이자율을 탄력적으로 운영하기 위하여 시중은행의 연체금리 수준 등을 고려하여 대통령령으로 정하도록 함.
부. 외국인관광객 유치 활성화를 지원하기 위하여 외국인관광객 관광호텔 숙박용역 및 미용성형 의료용역에 대한 부가가치세 환급특례의 적용기한을 각각 2020년 12월 31일까지로 1년 연장함.
수. 중고자동차 수집업자 지원을 위하여 중고자동차 매입세액공제 특례의 적용기한을 2020년 12월 31일까지로 1년 연장함.
우. 환경친화적 자동차의 개발ㆍ보급을 지원하기 위하여 수소전기자동차에 대한 개별소비세 감면을 2022년 12월 31일까지로 3년 연장함.
주. 노후자동차 교체 지원을 통한 자동차산업 활력 제고를 위하여 2004년 12월 31일 이전에 신규등록된 자동차를 2019년 6월 30일 현재 소유한 자가 노후자동차를 폐차하고 말소등록일 전후 2개월 이내에 승용자동차(경유 승용자동차를 제외)를 본인명의로 신규등록하는 경우, 개별소비세액의 100분의 70을 6개월간 한시적으로 감면함.
추. 신에너지 및 재생에너지의 개발ㆍ이용을 촉진하기 위하여 신에너지 및 재생에너지 관련 기자재에 대한 관세경감의 적용기한을 2021년 12월 31일까지로 2년 연장함.
쿠. 가공무역 지원 등을 위하여 운영중인 보세공장 제도에 대한 중소ㆍ중견기업 이용률을 제고하기 위하여 중소ㆍ중견기업의 보세공장에 사용하기 위하여 2022년 12월 31일까지 수입하는 시설재에 대한 관세를 면제함.
< 외국인투자 등에 대한 조세특례 >
투. 조세특례제한법상 지방세 감면 규정을 2019년 12월 31일까지만 운영하고, 향후 조세특례제한법상조세 감면결정 시 협의대상에 행정안전부장관을 추가함.
< 기업특구 지원을 위한 조세특례 >
푸. 첨단의료복합단지의 활성화를 지원하기 위하여 해당 단지 입주기업에 대한 소득세·법인세 감면제도의 적용기한을 2021년 12월 31일까지로 2년 연장함.
< 그 밖의 조세특례 >
후. 신용카드 등 사용금액에 대한 소득공제의 적용기한을 2022년 12월 31일까지로 3년 연장하는 한편, 소상공인 지원을 위하여 소상공인간편결제시스템사용분에 대한 소득공제율을 40퍼센트로 하고 전통시장 추가 공제한도에 포함함.
그. 지역특구 감면제도와 관련하여 소득세·법인세의 100퍼센트를 감면하는 기간과 50퍼센트 등 그외의 감면율을 적용하는 기간에 적용되는 최저한세의 일관성을 확보하기 위하여 소득세·법인세의 100퍼센트를 감면하는 기간은 최저한세를 적용하는 대상에서 제외하고, 그 외의 감면율을 적용하는 기간은 최저한세를 적용하도록 함.
느. 국내 대륙붕 등 해저광물자원 개발사업을 지원하기 위하여 해저광물의 탐사 및 채취에 사용할 목적으로 수입하는 기계ㆍ장비 등에 대한 관세 및 부가가치세 면제 적용기한을 2022년 12월 31일까지로 3년 연장함.
드. 고위험·고비용 신기술에 대한 연구개발을 지원하기 위하여 납부세액이 없거나 최저한세가 적용되어 공제받지 못한 신성장동력·원천기술연구개발비에 대한 세액공제액의 이월기간을 5년에서 10년으로 확대함.
3. 의견제출
이 개정안에 대해 의견이 있는 기관·단체 또는 개인은 2019년 8월 14일까지 국민참여입법센터(http://opinion.lawmaking.go.kr)를 통하여 온라인으로 의견을 제출하시거나, 다음 사항을 기재한 의견서를 기획재정부(참조：조세특례제도과, 전화 (044)215-4131, 4136 팩스 (044)215-8063, 이메일 na9041@korea.kr)에 제출하여 주시기 바랍니다.
가. 예고 사항에 대한 찬성 또는 반대 의견(반대 시 이유 명시)
나. 성명(기관ㆍ단체의 경우 기관ㆍ단체명과 대표자명), 주소 및 전화번호
다. 그 밖의 참고 사항 등
※ 제출의견 보내실 곳
- 일반우편 : 세종특별자치시 갈매로 477 정부세종청사 기획재정부 조세특례제도과
- 전자우편 : na9041@korea.kr
- 팩스 : 044-215-8063
4. 그 밖의 사항
개정안에 대한 자세한 사항은 기획재정부 조세특례제도과(전화 044-215-4136, 팩스 044-215-8063)로 문의하여 주시기 바랍니다.
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