⊙기획재정부공고제2025-154호
「조세특례제한법」 일부개정법률안 입법예고를 하는데 있어, 그 이유와 주요내용을 국민에게 미리 알려 이에 대한 의견을 듣기위하여 "행정절차법" 제 41조에 따라 다음과 같이 공고합니다.
2025년 8월 1일
부총리겸기획재정부장관
조세특례제한법 일부개정법률안 입법예고
1. 개정이유
소규모 창업중소기업 세부담 경감을 위하여 생계형 창업중소기업 기준 금액을 상향하고, 벤처기업에 대한 투자를 활성화하기 위하여 내국법인이 민간재간접벤처투자조합을 통해 벤처기업 등에 출자하는 경우 세액공제율을 상향하며, 중소기업의 디지털 전환 지원을 위하여 중소기업이 취득하는 스마트공장 관련 설비투자자산에 대한 감가상각비 손금산입 특례를 신설하고, 기업의 장기 고용 유인 강화 및 납세협력비용 경감 등을 위하여 통합고용세액공제 사후관리 방식을 개선하며, 공제액 구조를 점증 구조로 개편하는 한편, 콘텐츠산업의 경쟁력 강화를 위하여 영상콘텐츠 제작비용에 대한 세액공제율을 조정하고, 문화산업전문회사 출자에 대한 세액공제 적용대상을 대기업까지 확대하며, 웹툰콘텐츠 제작비용에 대한 세액공제를 신설하는 한편, 원화자산에 대한 안정적 외국인자금 유치를 위하여 국제금융기구의 원화표시 자산투자시 해당 투자소득을 비과세하도록 하고, 내국법인의 외국자회사 주식 현물출자에 대한 과세특례를 신설하며, 영농조합법인 등에 대한 농지 등 현물출자시 양도소득세 조세지원 방식을 전환하고, 조합법인과 중소기업 등 일반법인 간의 과세형평을 위하여 조합법인의 법인세 과세특례 적용 세율을 조정하며, 장애인·기초생활수급자·국가유공상이자 등 취약계층 지원 목적으로 도입한 비과세 종합저축 가입 대상은 조정하는 한편, 과세형평을 높이고 금융시장의 공정 경쟁을 유도하기 위하여 조합 등 예탁금 및 출자금의 이자소득 및 배당소득에 대한 비과세 적용 기한을 농·어민, 임업인 조합원과 일정 소득 이하 조합원등에 한정하여 2028년 12월 31일까지로 3년 연장하고, 그 외에는 2026년 1월 1일 가입자부터 저율 분리과세를 시행하도록 하며, 부동산 프로젝트 펀드 선진화를 지원하기 위하여 내국인이 「부동산투자회사법」상 프로젝트 부동산투자회사에 토지 또는 건물을 현물출자하는 경우 해당 내국인이 현물출자로 취득한 주식을 처분할 때까지 양도소득세의 납부 또는 법인세의 과세를 이연하는 특례를 신설하고, 기업의 배당을 촉진하기 위하여 투자·상생협력 촉진세제의 환류대상에 배당을 추가하는 등 투자·배당 및 상생협력 촉진세제로 개편하며, 기업의 구조조정을 지원하기 위하여 산업위기 선제대응지역에 소재하는 내국법인이 사업재편계획에 따라 투자를 위한 자산 매각 시 양도차익에 대한 법인세 과세이연 기간을 확대하는 한편, 맞벌이 부부 지원을 위하여 세대주와 따로 거주하는 배우자에 대해 월세 세액공제를 적용하고, 지역균형발전을 위하여 고향사랑 기부금에 대한 세액공제율을 상향하며, 수도권 밖으로 공장 및 본사를 이전하는 기업에 대한 감면기간을 확대하고, 중고자동차 매입세액 공제특례에 대해 공제한도를 신설하며, 근로자의 자녀 양육 부담 경감을 위하여 자녀 수에 따라 신용카드 등 소득공제 한도금액을 상향 조정하고, 지역소비 활성화 및 소상공인 지원을 위하여 지역사랑상품권을 통한 기업업무추진비 지출분에 대해서도 기업업무추진비 손금산입 추가한도가 적용되도록 하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선?보완하려는 것임.
2. 주요내용
< 중소기업에 대한 조세특례 >
가. 생계형 창업중소기업 세액감면의 대상이 되는 총수입 기준금액을 「부가가치세법」상 간이과세자 기준금액인 1억 4백만원으로 상향함
나. 중소기업에 대한 특별세액감면의 적용기한을 2028년 12월 31일까지로 3년 연장
다. 상생결제 지급금액에 대한 세액공제의 적용기한을 2028년 12월 31일까지로 3년 연장
라. 대ㆍ중소기업 간 상생협력을 위한 기금 출연 등에 대한 세액공제의 적용기한을 2028년 12월 31일까지로 3년 연장함
< 연구 및 인력개발에 대한 조세특례 >
마. 벤처투자회사 등이 벤처기업 등에 출자하여 취득한 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익 등에 대하여 법인세를 비과세하는 과세특례의 적용기한을 2028년 12월 31일까지로 3년 연장하고, 벤처투자회사 등이 벤처투자조합이 설립한 벤처투자목적회사를 통해 벤처기업 등에 출자함으로써 배당받은 금액에 대해 법인세를 비과세하는 규정을 신설함.
바. 내국법인이 벤처기업 등에 출자하는 경우 일정 금액을 세액공제하는 과세특례의 적용기한을 2028년 12월 31일까지로 3년 연장하고, 벤처투자목적회사를 통해 벤처기업등에 출자하는 경우에도 과세특례가 적용될 수 있도록 하는 한편 내국법인이 민간재간접벤처투자조합을 통하여 벤처기업 등에 출자하는 경우 세액공제율을 상향함.
사. 내국법인의 소재·부품·장비 관련 중소·중견기업 출자에 대한 과세특례의 적용기한을 종료하고, 내국법인의 소재·부품·장비전문기업 및 국가전략기술 관련 외국법인 인수에 대한 과세특례의 적용기한을 2028년 12월 31일까지로 3년 연장함.
아. 창업기업 등에 출자에 대한 과세특례 적용기한을 2028년 12월 31일까지 3년 연장하고, 벤처투자조합이 투자목적회사를 통해 투자할 경우에도 특례 적용 대상이 되도록하고, 벤처투자조합 출자 등에 대한 소득공제의 적용기한도 2028년 12월 31일까지로 3년 연장함.
자. 벤처기업 출자자의 제2차 납세의무 면제 특례의 적용기한을 2028년 12월 31일까지로 3년 연장함.
< 국제자본거래에 대한 조세특례 >
차. 대통령령으로 정하는 국제금융기구의 국내원천 이자소득, 배당소득, 유가증권 양도소득 등을 비과세하도록 함.
< 투자촉진을 위한 조세특례 >
카. 영상콘텐츠 제작비용에 대한 세액공제율을 10%(중소기업 15%)로 조정하고, 적용기한을 2028년 12월 31일까지로 3년 연장함.
타. 영상콘텐츠를 제작하는 문화산업전문회사의 출자에 대한 세액공제 적용대상을 현행 중소·중견기업에서 대기업까지 확대함.
파. 웹툰산업을 지원하기 위하여 2028년 12월 31일까지 발생한 웹툰콘텐츠 제작비용의 10%(중소기업 15%)에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세에서 공제함.
하. 사회간접자본시설(SOC) 확충 지원을 위하여 투융자집합투자기구에 투자하여 발생하는 배당소득에 대한 분리과세 특례 적용기한을 2028년 12월 31일까지로 3년 연장함.
거. 중소기업이 취득한 스마트공장 관련 설비투자자산에 대해 감가상각비 손금산입 특례를 적용하도록 함.
< 고용지원을 위한 조세특례 >
너. 근로소득을 증대시킨 기업에 대한 세액공제의 적용기한을 2028년 12월 31일까지로 3년 연장함.
더. 상시근로자 수가 직전 과세연도보다 증가한 경우 소득세 또는 법인세에서 공제하는 금액을 점증 구조로 재설계하고, 중견기업과 대기업은 최소고용증가인원수 이상으로 증가한 고용에 대해서만 세액공제를 적용하도록 하며, 통합고용세액공제의 적용기한을 2028년 12월 31일까지로 3년 연장하고, 육아휴직 복귀자에 대한 추가 공제의 적용기한을 2026년 12월 31일까지로 1년 연장함.
< 기업구조조정을 위한 조세특례 >
러. 내국법인이 외국자회사 주식을 외국법인에 현물출자하는 경우 양도차익에 대한 법인세 과세이연을 허용함.
< 지역 간의 균형발전을 위한 조세특례 >
머. 10만원 초과 20만원 이하 고향사랑 기부금에 대한 세액공제율을 100분의 15에서 100분의 40로 상향함.
버. 공장의 대도시 밖 이전에 대한 법인세 과세특례 및 법인 본사를 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 데 따른 양도차익에 대한 법인세 과세특례의 적용기한을 2028년 12월 31일까지로 3년 연장함.
서. 수도권 밖으로 공장 또는 본사를 이전하는 기업에 대하여 50%의 감면율을 적용하는 기간을 2년에서 최대 5년으로 확대하고, 세액감면혜택이 가장 높은 대상지역에 중규모도시 내 낙후지역을 추가하며, 세액감면의 한도를 신설하는 한편, 적용기한을 2028년 12월 31일까지로 3년 연장함.
어. 농업의 규모화ㆍ법인화를 지원하기 위하여 농지 등 현물출자시 양도소득세에 대한 조세지원을 현행 양도소득세 감면에서 이월과세로 전환함.
저. 축산농가 업종전환 등 구조조정 지원을 위하여 축사용지에 대한 양도소득세 감면 적용기한을 2028년 12월 31일까지로 3년 연장함.
처. 어업인 지원을 위하여 어업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면 적용기한을 2028년 12월 31일까지로 3년 연장함.
커. 영농 세대교체를 지원하기 위하여 영농자녀등이 증여받는 농지 등에 대한 증여세 감면 적용기한을 2028년 12월 31일까지로 3년 연장함.
< 공익사업지원을 위한 조세특례 >
터. 조합법인 등에 대한 법인세 과세특례 중 과세표준 20억원 초과분에 대한 적용세율을 12%에서 15%로 상향 조정하고, 적용기한을 2028년 12월 31일까지로 3년 연장함.
퍼. 고유목적사업준비금의 손금산입특례 적용기한을 2028년 12월 31일까지로 3년 연장함.
허. 국민의 재산권 보호 및 효율적인 국토 관리 지원을 위하여 개발제한구역 지정에 따른 매수대상 토지등에 대한 양도소득세 감면 적용기한을 2028년 12월 31일까지로 3년 연장함.
고. 중소기업의 비수도권 투자 및 지역균형발전 지원을 위하여 중소기업 공장이전에 대한 과세특례 적용기한을 2028년 12월 31일까지로 3년 연장함.
< 저축 지원을 위한 조세특례 >
노. 무주택 가구의 주택 마련을 지원하기 위하여 주택청약종합저축 납입액에 대한 소득공제 및 청년우대형 주택청약종합저축 이자소득 비과세 적용 기한을 2028년 12월 31일까지로 3년 연장함.
도. 농어민의 자산형성 지원을 위하여 농어가목돈마련저축에 대한 소득세 등 비과세 특례 적용 기한을 2028년 12월 31일까지로 3년 연장함.
로. 장애인, 기초생활수급대상자, 국가유공상이자 등 취약계층의 자산 형성을 지원하기 위하여 비과세 종합저축에 대한 적용기한을 2028년 12월 31일까지로 3년 연장하되, 취약계층 집중 지원을 위하여 65세 이상 노인은 기초연금수급대상자로 대상을 한정함.
모. 과세형평을 높이고 금융시장의 공정경쟁을 유도하기 위하여 조합 등 예탁금 및 출자금의 이자소득 및 배당소득에 대한 비과세 적용 기한을 농·어민, 임업인 조합원과 총급여 5천만원, 종합소득금액 3천8백만원 이하인 조합원·준조합원·회원 등에 대해 2028년 12월 31일 가입분까지로 3년 연장하는 한편, 그 외 출자자 및 가입자에 대해서는 2026년 1월 1일 가입자부터 저율 분리과세를 시행하도록 함.
보. 개인종합자산관리계좌 편입 상품에 외국 법령에 따라 외국에서 발행된 외국 집합투자증권은 포함되지 않음을 명확히 함.
< 국민생활의 안정을 위한 조세특례 >
소. 세대주가 월세액에 대한 세액공제를 받더라도 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 경우 그 배우자가 지급한 월세액에 대해 부부 합산하여 연 1천만원 한도 내에 추가로 월세 세액공제가 가능하도록 함.
오. 소상공인 임대료 부담 경감을 위하여 상가임대료를 인하한 임대사업자에 대한 세액공제 적용기한을 3년 연장함.
조. 부동산 프로젝트 펀드 사업구조 선진화 지원을 위하여 내국인이 「부동산투자회사법」상 프로젝트 부동산투자회사에 토지 또는 건물을 현물출자하는 경우 해당 내국인이 현물출자로 취득한 주식을 처분할 때까지 양도소득세의 납부 또는 법인세의 과세를 이연함.
초. 지역균형발전 지원을 위하여 농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 적용기한을 2028년 12월 31일까지로 3년 연장하고, 일반주택과 농어촌주택등이 행정구역상 같은 읍ㆍ면ㆍ동 또는 연접한 읍ㆍ면ㆍ동에 있는 경우는 특례의 적용을 배제함.
코. 영세 개인사업자의 폐업·재기 기한과 특례 신청 기한을 각각 1년씩 연장하고, 체납액 기준을 5천만원에서 8천만원으로 상향하며, 특례 적용 대상에 3개월 이상 노무를 제공한 자를 포함함.
< 투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 조세특례 >
토. 투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례의 환류대상에 배당을 추가하고 환류 대상 소득 비율을 상향하는 등 투자ㆍ배당 및 상생협력 촉진을 위한 과세특례로 개편하고 적용기한을 2028년 12월 31일까지로 3년 연장함.
< 그 밖의 직접국세 특례 >
포. 상용근로자 간이지급명세서 제출을 반기 단위에서 월 단위로 단축하는 시행시기가 1년 유예됨에 따라 관련 세액공제 시행시기를 2026년 1월 1일에서 2027년 1월 1일로 유예함.
호. 대학의 수익용 기본재산 대체취득 대상에 유가증권을 추가하고, 유가증권의 경우 대체취득한 유가증권의 처분시까지 과세이연을 하며, 동종 수익용 기본재산으로 대체취득한 경우로 적용요건을 추가함.
구. 종합부동산세 과세제도 합리화를 위하여 주택건설 목적으로 주택건설사업자가 토지취득 후 정당한 사유로 합산배제기간인 5년 이내 사업계획의 승인을 받지 못한 경우 합산배제된 해당 토지에 대한 종합부동산세 추징을 면제함.
누. 고배당기업의 주식 보유 거주자가 지급받는 배당소득에 대해서는 분리과세 하도록 함.
두. 우수 선화주기업 인증을 받은 화주 기업에 대한 세액공제 적용요건을 운송비용 기준에서 물동량 기준으로 변경하고 외항정기화물운송사업자를 통한 운송비중이 전년대비 증가해야 한다는 요건을 삭제하는 등 요건을 합리화하는 한편, 기본 공제율을 100분의 1에서 1000분의 5로 인하하고 원양노선을 운항하는 외항정기화물운송사업자를 통해 지출한 운송비용에 대한 추가공제를 신설함.
루. 프로젝트금융투자회사의 배당금액에 대한 소득공제의 적용기한을 2028년 12월 31일까지로 3년 연장함.
< 간접국세에 대한 조세특례 >
무. 농업ㆍ축산업ㆍ임업ㆍ어업용 기자재에 대한 부가가치세 영세율 적용기한을 2028년 12월 31일까지 3년 연장하고, 농·어민이 아닌 자가 농업ㆍ축산업ㆍ임업ㆍ어업용 기자재 등을 영세율로 공급받는 경우 부가가치세액과 가산세를 추징함.
부. 도서지방의 자가발전에 사용할 목적으로 공급하는 석유류에 대한 부가가치세 면제 적용기한을 2028년 12월 31일까지 3년 연장함.
수. 관리주체, 경비업자, 청소업자가 국민주택규모 초과 공동주택에 공급하는 일반관리용역, 경비용역, 청소용역에 대한 부가가치세 면제 적용기한을 2028년 12월 31일까지 3년 연장함.
우. 온실가스배출권, 외부사업 온실가스 감축량 및 상쇄배출권에 대한 부가가치세 면제 적용기한을 2028년 12월 31일까지 3년 연장함.
주. 대학생의 주거비부담을 완화하기 위하여 2015년 1월 1일부터 2028년 12월 31일까지 실시협약을 체결한 행복기숙사가 공급하는 기숙사 용역 및 행복기숙사가 학교 등으로부터 공급받는 시설관리운영권에 대한 부가가치세를 면제함.
추. 시내버스 및 마을버스 운송사업용으로 공급하는 전기·수소버스에 대한 부가가치세 면제 적용기한을 2028년 12월 31일까지 3년 연장함.
쿠. 농ㆍ어민 등이 직접 수입하는 농업ㆍ축산업ㆍ임업ㆍ어업용 기자재에 대한 부가가치세 면제 적용기한을 2028년 12월 31일까지 3년 연장함.
투. 연안여객선박용 석유류에 대한 부가가치세 등의 감면 적용기한을 2028년 12월 31일까지 3년 연장함.
푸. 외국인 관광객 숙박용역에 대한 부가가치세 환급 특례 적용기한을 2028년 12월 31일까지 3년 연장함.
후. 재활용폐자원 및 중고자동차에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례 적용기한을 2028년 12월 31일까지로 3년 연장하고, 중고자동차 매입세액 공제특례에 대해 공제한도를 신설함.
그. 도서지방의 자가발전에 사용할 목적으로 공급하는 석유류에 대한 개별소비세 면제 적용기한을 2028년 12월 31일까지로 3년 연장함.
느. 연안화물선용 경유에 부과되는 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 감면 적용기한을 2028년 12월 31일까지로 3년 연장함.
드. 창업·벤처기업 지원 및 금융시장 안정화를 위한 증권거래세 감면기한을 2028년 12월 31일까지로 3년 연장하고, 면제대상 등으로 벤처투자조합이 설립한 투자목적회사 등을 추가함.
< 사업재편계획을 위한 조세특례 >
르. 산업위기 선제대응지역에 소재한 내국법인이 사업재편계획에 따라 금융채무 상환 및 투자를 위하여 자산을 매각하는 경우 과세가 이연되는 기간을 현행 해당 사업연도의 종료일 이후 3개 사업연도 기간 동안 익금에 산입하지 아니하고 그 다음 3개 사업연도 기간 동안 분할해 익금에 산입하는 것에서 4개 사업연도 기간 동안 익금에 산입하지 아니하고 그 다음 5개 사업연도 기간 동안 분할해 익금에 산입하는 것으로 확대함.
< 과세표준 양성화를 위한 조세특례 >
므. 자녀를 부양하는 근로자에 대해 신용카드 등 사용금액에 대한 소득공제 한도 금액을 자녀당 50만원(최대 100만원) 상향하되 총급여가 7천만원을 초과하는 경우 자녀당 25만원(최대 50만원) 상향하고, 신용카드 등 사용금액에 대한 소득공제 적용기한을 3년 연장함.
브. 영세사업자 지원을 위하여 현금영수증가맹점에 대한 세액공제 적용기한을 3년 연장함.
< 조세특례제한 등 >
스. 기업업무추진비 중 문화비 및 전통시장 지출분에 대해 「법인세법」에 따른 기업업무추진비의 손금산입 한도액 외에 일정 비율까지 추가로 손금에 산입할 수 있도록 하는 특례의 적용기한을 2028년 12월 31일까지로 3년 연장하고, 전통시장 지출분에 대한 추가 손금산입 한도를 현행 기업업무추진비 한도액의 100분의 10에서 100분의 20으로 상향하는 한편, 지역사랑상품권을 통해 지출한 기업업무추진비도 전통시장 지출분에 포함시켜 추가로 손금에 산입할 수 있도록 함.
으. 안정적 자원 확보를 위하여 해저광물의 탐사 및 채취사업에 사용하기 위하여 수입하는 기계·장비 및 자재에 대한 과세특례의 적용기한을 2028년 12월 31일까지로 3년 연장함.
3. 의견제출
이 개정안에 대해 의견이 있는 기관·단체 또는 개인은 2025년 8월 14일까지 국민참여입법센터(http://opinion.lawmaking.go.kr)를 통하여 온라인으로 의견을 제출하시거나, 다음 사항을 기재한 의견서를 기획재정부(참조：조세특례제도과, 전화 (044)215-4136 팩스 (044)215-8063, 이메일 dongjun0@korea.kr)에 제출하여 주시기 바랍니다.
가. 예고 사항에 대한 찬성 또는 반대 의견(반대 시 이유 명시)
나. 성명(기관ㆍ단체의 경우 기관ㆍ단체명과 대표자명), 주소 및 전화번호
다. 그 밖의 참고 사항 등
※ 제출의견 보내실 곳
- 일반우편: (30112) 세종특별자치시 도움6로 42, 정부세종청사 중앙동 기획재정부 조세특례제도과
- 전자우편: dongjun0@korea.kr
- 팩스: 044-215-8063
4. 그 밖의 사항
개정안에 대한 자세한 사항은 기획재정부(아래 참조)로 문의하여 주시기 바랍니다.
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소관분야
|
소관과
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전화번호(044-215-)
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고용, 중소기업,
유턴, 지역특구 등
|
조세특례제도과
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4132, 4133
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징수특례 등
|
조세법령운용팀
|
4152
|
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근로소득, 사업소득
|
소득세제과
|
4211, 4212
|
|
법인세
|
법인세제과
|
4222, 4223
|
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이자·배당소득, 증권거래세 등
|
금융세제과
|
4231, 4232, 4233
|
|
양도소득, 종합부동산세, 증여세
|
재산세제과
|
4312, 4313, 4314
|
|
부가가치세
|
부가가치세제과
|
4322, 4323, 4326
|
|
교통ㆍ에너지ㆍ환경세, 개별소비세
|
환경에너지세제과
|
4331
|
|
비거주자ㆍ외국법인
|
국제조세제도과
|
4656
|
|
관세
|
관세제도과
|
4413
|