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1. 질의요지

2008. 2. 28. 이전 「법인세법 시행령」에 따른 지정기부금단체등으로 지정되어 2010. 12월경 지정기간이 종료된 단체가, 2011년 다시 지정기부금단체등으로 지정 신청을 하는 경우, 기획재정부장관은 위 단체가 지정기부금단체등으로 지정되어 있던 중인 2010. 5월경 선출직 후보를 지지·지원하는 정치활동을 한 것을 사유로 「법인세법 시행령」 제36조제8항을 들어 지정기부금단체등으로 재지정하지 않을 수 있는지?

2. 회답

  
  2008. 2. 28. 이전 「법인세법 시행령」에 따른 지정기부금단체등으로 지정되어 2010. 12월경 지정기간이 종료된 단체가, 2011년 다시 지정기부금단체등으로 지정 신청을 하는 경우, 기획재정부장관은 위 단체가 지정기부금단체등으로 지정되어 있던 중인 2010. 5월경 선출직 후보를 지지·지원하는 정치활동을 한 것을 사유로 「법인세법 시행령」 제36조제8항을 들어 지정기부금단체등으로 재지정하지 않을 수 있습니다.

3. 이유

  「법인세법」 제24조제1항 및 같은 법 시행령 제36조제1항제1호 단서 및 사목의 규정에 따르면, 「민법」 제32조에 따라 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리법인 중 일정한 요건을 모두 충족한 것으로서 주무관청의 추천을 받아 재정경제부장관이 지정한 법인(이하 “지정기부금단체등”이라 함)의 고유목적사업비로 지출하는 기부금에 대하여는 지정일이 속하는 사업연도와 그 다음 5개 사업연도 동안 지출하는 기부금의 일정 금액을 손금불산입하도록 하고 있는바, 같은 법 시행령 제36조제1항제1호사목(4)에서는 지정기부금단체등의 지정요건으로 “사실상 특정 정당 또는 선출직 후보를 지지·지원하는 등 정치활동을 하지 아니할 것”을, 같은 법 시행령 제36조제7항제2호에서는 기획재정부장관의 지정기부금단체등에 대한 지정 취소 사유로 “제1항제1호사목의 요건을 위반한 사실”을 각각 규정하고 있고, 같은 조 제8항에서는 기획재정부장관의 재지정과 관련하여, “같은 조 제1항제1호사목에 따른 법인의 지정기간이 끝난 후에 그 법인의 지정기간 중 같은 조 제7항제2호의 사실이 있었음을 알게 된 경우” 그 법인에 대하여 재지정하지 아니할 수 있다고 규정하고 있습니다. 

  이 건 사안에서 문제되는 재지정에 대한 규정인 「법인세법 시행령」 제36조제8항은 2010. 2.
 18. 대통령령 제22035호로 개정되어 시행된 「법인세법 시행령」(이하 “2010년 개정된 법인세법 시행령”이라 함)에서 신설된 것으로서, 당시 부칙에서 이에 관한 경과조치나 적용례 규정을 따로 두고 있지 않으므로 특별한 사유가 없는 한 위 대통령령 제22035호의 시행일인 2010. 2. 18.부터는 재지정 대상이 되는 단체에 대하여 당연히 적용된다고 할 것입니다.

  비록, 2008. 2. 22. 대통령령 제20619호로 개정되어 시행된 「법인세법 시행령」(이하 “2008년 개정된 법인세법 시행령”이라 함) 부칙 제7조 등에 따라, 위 2008년 개정된 법인세법 시행령 시행 이전 지정기부금단체등으로 지정된 단체에 대하여는 「법인세법 시행령」 제36조제1항제1호사목(4) 및 같은 조 제7항제2호 중 “제1항제1호사목의 요건을 위반한 사실” 부분이 적용되지 않으나, 이는 위 2008년 개정된 법인세법 시행령 시행 이전 지정기부금단체등으로 지정된 단체의 지정기간이 만료될 때까지에 한하는 것이고, 이후 새로이 지정기부금단체등으로 재지정하는 경우에는 재지정 당시 시행되는 법령을 적용하여야 할 것입니다. 

  더욱이, 2010년 개정된 법인세법 시행령 부칙 제24조가 “종전의 지정기부금단체에 관한 특례”라는 제목 하에, “이 영 시행 당시
 종전의 규정에 따라 지정기부금단체로 지정된 법인이 지정기간 종료 후 최초로 재지정을 신청하는 경우에는 이 영 시행일의 다음 날부터 지정기간 종료일까지의 기간 동안 제36조제1항제1호사목의 요건에 대한 이행실적을 주무관청에 제출하여야 하며, 주무관청은 이행실적을 점검하여 그 결과를 기획재정부장관에 알려야 한다”고 규정하여, 비록 2008년 개정된 법인세법 시행령 시행 이전에 지정기부금단체로 지정된 단체라 하더라도 2010년 개정된 법인세법 시행령 시행일 다음 날부터 지정기간 종료일까지의 기간 동안에 “사실상 특정 정당 또는 선출직 후보를 지지ㆍ지원하는 등 정치활동을 하였는지”를 포함한 제36조제1항제1호사목의 요건에 대한 이행실적을 주무관청이 점검하여 그 결과를 기획재정부장관에게 알리도록 하였는바, 이러한 부칙 규정을 둔 취지는 이후 재지정과 관련하여 이행실적을 고려하여 재지정 여부를 결정하는 것을 허용하려는 것으로 보입니다.

  따라서, 2008. 2. 28. 이전 「법인세법 시행령」에 따른 지정기부금단체등으로 지정되어 2010. 12월경 지정기간이 종료된 단체가, 2011년 다시 지정기부금단체등으로 지정 신청을 하는 경우, 기획재정부장관은 위 단체가 지정기부금단체등으로 지정되어 있던 중인 2010. 5월경 선출직 후보를 지지·지원하는 정
치활동을 한 것을 사유로 「법인세법 시행령」 제36조제8항을 들어 지정기부금단체등으로 재지정하지 않을 수 있습니다.