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1. 질의요지

「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제144조에 따라 제주특별자치도에 위치한 지정항만에 대한 「항만법」 제9조제1항의 항만공사 시행 권한이 해양수산부장관으로부터 제주특별자치도지사에게 이관되어 있는바, 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」에 근거하여 항만공사가 진행되었던 지정항만에 대하여 제주특별자치도지사가 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 시행(2006. 7. 1.) 이후 신규 항만공사를 위해 공사계약을 체결하여야 하는 경우, 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」을 적용하여야 하는지, 아니면 「지방자치단체를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」을 적용하여야 하는지?

2. 회답

   「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제144조에 따라 「항만법」 제9조제1항에 따른 지정항만에 대한 항만공사 시행권한이 해양수산부장관으로부터 제주특별자치도지사에게 이관된 경우, 이관 이후 지정항만에 대한 신규 항만공사에 관하여는 「지방자치단체를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」을 적용하여야 합니다. 

3. 이유

  ○ 「항만법」 제9조제1항에서는 항만시설의 신설·개축·유지·보수 및 준설 등에 관한 공사(이하 “항만공사”라 함) 가운데 지정항만에 대한 항만공사는 해양수산부장관이 시행하고, 지방항만에 대한 항만공사는 시·도지사가 시행하나, 다만, 항만공사에 관하여 이 법 또는 다른 법률에 특별한 규정이 있으면 그 규정에 따르도록 정하고, 같은 조 제2항에서는 해양수산부장관이나 시·도지사가 아닌 자(이하 “비관리청”이라 함)가 관리청의 허가를 받아 항만공사를 하려는 때에는 관리청의 허가를 받아야 한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제3항에서는 관리청은 제2항에 따른 항만공사 시행허가를 받고자 하는 비관리청이 요건을 모두 갖춘 경우에는 이를 허가하도록 정하고 있습니다.
 ○ 한편, 「제주특별자치도의 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」(이하 “제주특별자치도법”이라 함) 제144조제7호에서는 해양수산사무의 이관에 따른 특례를 규정하면서, 그 중 하나로 위 「항만법」 제9조제1항부터 제3항까지의 규정에 의한 해양수산부장관의 권한은 제주특별도지사의 권한으로 한다고 규정하고 있고, 아울러 제주특별자치도법 제6조에서는 이 법에 의하여 중앙행정기관의 장 등의 권한을 제주특별자치도지사의 권한으로 한 경우(이양되는 권한과 관련된 의무·원칙·기준 및 절차 등을 포
함함) 제주특별자치도지사의 권한은 해당법령에 규정된 중앙행정기관의 장 등의 권한으로 보아 해당법령을 적용하고, 중앙행정기관의 장 등에 해당하는 사항을 제주특별자치도지사에 해당하는 것으로 한 경우에도 또한 같다고 규정하고 있습니다.
 ○ 제주특별자치도법에 따라 중앙행정기관의 장의 권한이 제주특별자치도지사에게 이관된 경우 그 중앙행정기관의 장의 권한에 속하는 사무는 제주특별자치도지사의 사무가 되고, 제주특별자치도지사는 자신의 권한과 책임 아래 그 사무를 처리하여야 하며, 그 시점은 달리 제주특별자치도법의 부칙에서 정하지 않는 한 제주특별자치도법의 시행 이후부터라 할 것입니다.
 ○ 따라서, 제주특별자치도법의 시행 이후 제주특별자치도내의 지정항만에 관한 항만공사 시행권한은 행정자치부장관으로부터 제주특별자치도지사로 이관되었다고 할 것입니다.
 ○ 그리고, 국가가 그 사무의 비용을 부담한다고 하더라도 지방자치단체의 일반회계에 속하게 된 이상(「지방재정법」 제9조제1항) 이는 국가와 지방자치단체 사이의 문제이고, 법률행위의 당사자 및 비용을 지출하는 주체가 제주특별자치도지사인 점이 달라진다고 볼 수 없습니다. 
 ○ 그러므로, 「항만법」 제55조에 따라 제주특별자치도내 지정항만에 대한 항만공사 비용을 국가가 부담한다고 보더라도, 제주특
별자치도내 지정항만의 항만공사 권한이 제주특별자치도지사에게 이관된 이상 제주특별자치도법 시행 이후 지정항만에 대한 신규 항만공사의 계약당사자는 제주특별자치도지사이므로, 이 공사에 대하여는  「지방자치단체를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」이 적용되어야 할 것입니다.