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1. 질의요지

설립등기 당시에는 자산총액이 1천억원 미만이었던 회사가 같은 해 자회사의 주식을 취득하여 자산총액이 1천억원 이상이 되었고 지주회사의 주된 사업의 기준을 갖추었으나 지주회사 전환신고를 하지 않은 경우, 위 회사에 대하여 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령」 제2조제1항제2호의 “사업연도 종료일 이전의 자산총액을 기준으로 지주회사 전환신고를 하는 경우에는 해당 전환신고 사유의 발생일 현재의 대차대조표 상의 자산총액이 1천억원 이상인 회사”부분을 적용하여 위 회사가 「조세특례제한법」 제120조제6항에 따라 취득세가 면제되는 지주회사에 해당된다고 볼 수 있는지?

2. 회답

   설립등기 당시에는 자산총액이 1천억원 미만이었던 회사가 같은 해 자회사의 주식을 취득하여 자산총액이 1천억원 이상이 되었고 지주회사의 주된 사업의 기준을 갖추었으나 지주회사 전환신고를 하지 않은 경우, 위 회사는 「조세특례제한법」 제120조제6항에 따라 취득세가 면제되는 지주회사에 해당됩니다.

3. 이유

  ○ 「지방세법」 제22조제2호에서는 과점주주는 주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인(주식을 「한국증권선물거래소법」 제2조제1항에 따른 유가증권시장에 상장한 법인을 제외함. 이하 “비상장법인”이라 함)의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하는 자들을 말한다고 규정하고 있고, 「지방세법」 제105조제6항에서는 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 해당 법인의 부동산, 차량, 기계장비ㆍ입목ㆍ항공기ㆍ선박ㆍ광업권ㆍ어업권ㆍ골프회원권ㆍ승마회원권ㆍ콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다고 규정하고 있는 한편, 「조세특례제한법」 제120조제6항에서는 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 의한 지주회사(금융지주회사를 포함함)가 되거나 지주회사가 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 또는 「금융지주회사법」에 의한 자회사의 주식을 취득하여 「지방세법」 제22조제2호에 따른 과점주주에 해당하게 되는 경우 해당 과점주주에 대하여는 「지방세법」 제105조제6항(취득세 납세의무자)을 적용하지 아니한다고 규정하고 있습니다.
  ○ 위와 같이 「지방세법」에서 비상장법인의 과점주주에 대하여 취득
세를 부과하는 것은 비상장법인의 과점주주는 해당 법인의 자산에 대한 관리ㆍ처분권을 취득하게 되므로 실질적으로 해당 법인의 자산을 취득한 것이나 다름없게 되어 재산의 이전에 의하여 실질적으로 담세력이 발생한 곳에 과세하기 위한 것이고(헌법재판소 2006. 6. 29. 결정 2005헌바45 판결), 「조세특례제한법」에서 지주회사인 과점주주에 대하여 취득세를 면제하는 입법취지는 수직적으로 단순한 출자구조를 갖고 있는 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」의 지주회사체제가 순환출자구조를 가지고 있는 기존 대규모기업집단에 비해 부실기업의 신속한 퇴출과 연쇄도산위험이 감소되는 등 기업소유구조가 개선될 수 있다는 점에서 세제지원혜택을 통하여 지주회사의 설립 및 그 전환을 지원하기 위한 것입니다.
  ○ 한편 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제2조제1호의2에서는 “지주회사”라 함은 주식(지분을 포함함. 이하 같음)의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서 자산총액이 대통령령이 정하는 금액 이상인 회사를 말하고, 이 경우 주된 사업의 기준은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제2조제1항 및 제2항에서는 위 규정의 위임에 따라 “자산총액이 대통령령이 정하는 금액 이상인 회사”란 해당 사업연도에 새
로이 설립되었거나 합병 또는 분할ㆍ분할합병ㆍ물적분할(이하 “분할”이라 함)을 한 회사의 경우에는 각각 설립등기일ㆍ합병등기일 또는 분할등기일 현재의 대차대조표상 자산총액이 1천억원 이상인 회사를, 이외의 회사의 경우에는 직전 사업연도 종료일(사업연도 종료일 이전의 자산총액을 기준으로 지주회사 전환신고를 하는 경우에는 해당 전환신고 사유의 발생일) 현재의 대차대조표 상의 자산총액이 1천억원 이상인 회사를 말하고, 주된 사업의 기준은 회사가 소유하고 있는 자회사의 주식가액의 합계액(제1항 각 호의 자산총액 산정 기준일 현재의 대차대조표 상에 표시된 가액을 합계한 금액을 말함)이 해당 회사 자산총액의 100분의 50 이상인 것으로 한다고 규정하고 있습니다.
  ○ 또한 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제8조에서는 지주회사를 설립하거나 지주회사로 전환한 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 공정거래위원회에 신고하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제15조제1항제4호에서는 다른 회사의 주식취득, 자산의 증감 및 그 밖의 사유로 지주회사로 전환하는 경우에는 같은 법 시행령 제2조제1항제2호의 자산총액 산정 기준일부터 4개월 이내에 신고서를 공정거래위원회에 제출하여야 한다고 규정하고 있습니다.
  ○ 이 사안에서는 설립등기 당시에는 자산총
액이 1천억원 미만이었던 회사가 같은 해 자회사의 주식을 취득하여 자산총액이 1천억원 이상이 되었고 지주회사의 주된 사업의 기준을 갖추었으나 지주회사 전환신고를 하지 않은 경우, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령」 제2조제1항제2호의 “사업연도 종료일 이전의 자산총액을 기준으로 지주회사 전환신고를 하는 경우에는 해당 전환신고 사유의 발생일 현재의 대차대조표상의 자산총액이 1천억원 이상인 회사” 부분을 적용하여 해당 전환신고 사유의 발생일 현재의 대차대조표 상의 자산총액을 기준으로 위 회사가 「조세특례제한법」 제120조제6항제8호에 따라 「지방세법」 제105조제6항에 따른 취득세가 면제되는 지주회사에 해당되는지를 판단할 수 있는지 여부가 문제된다고 할 것입니다.
  ○ 「조세특례제한법」 제120조제6항제8호에 따라 「지방세법」 제105조제6항에 따른 취득세가 면제되는 지주회사에는 주식취득으로  「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제2조제1호의2와 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령」 제2조제1항 및 제2항의 요건을 갖춘 지주회사가 됨과 동시에 과점주주가 되는 회사는 포함된다고 할 것이고, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제8조에서 규정하고 있는 지주회사의 신고는 지주회사를 설립하기 위한 창설적 의미의 신고가 아니라 공정
거래위원회가 지주회사에게 부과된 각종 행위제한 의무의 이행 여부를 효과적으로 감시·감독할 수 있도록 하기 위하여 이미 성립한 지주회사의 명칭, 그 자회사의 명칭, 주식소유현황 및 사업내용 등 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령」 제15조에서 정한 관련 정보를 사후적으로 제공하는 보고적 의미의 신고일 뿐이고 이를 지주회사의 성립요건으로 볼 수 없으므로 해당 회사가 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제2조제1호의2와 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령」 제2조제1항 및 제2항의 요건을 갖추면 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사가 된다고 할 것입니다(법제처 2007. 12. 21. 회신 07-0366 해석례).
  ○ 또한 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령」 제2조제1항에서는 지주회사의 요건으로 제1호와 제2호에서 공통적으로 “대차대조표 상 자산총액이 1천억원 이상인 회사”일 것을 요구하면서 그 기준일을 달리 잡고 있고, 특히 제2호의 경우 보고적 의미의 신고에 불과한 전환신고 여부를 기준으로 그 기준일을 달리 보고 있는 점을 볼 때, 결국 같은 법에서 규율하려는 지주회사의 본질적인 요건은 “해당 회사의 대차대조표 상 자산총액이 1천억원 이상일 것”이라 할 것이고, 같은 법 시행령 제2조제1항에서 그 
기준일을 달리 정하고 있는 것은 공정거래위원회에서 지주회사에게 부과된 각종 행위제한 의무의 이행 여부를 감시·감독할 수 있는 기준일을 해당 회사가 지주회사가 되는 사유나 지주회사 전환신고를 하였는지 여부에 따라 달리 정하고자 하는 취지라 할 것입니다. 
  ○ 이와 같은 지주회사의 본질적 요건과 「조세특례제한법」에서 지주회사인 과점주주에 대하여 취득세를 면제하는 입법취지, 「조세특례제한법」 제120조제6항제8호에 따라 「지방세법」 제105조제6항에 따른 취득세가 면제되는 지주회사의 범위 및 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제8조에서 규정하고 있는 지주회사의 신고의 의미 등을 종합적으로 고려하여 보면, 설립등기 당시에는 자산총액이 1천억원 미만이었던 회사가 같은 해 자회사의 주식을 취득하여 자산총액이 1천억원 이상이 되었고 지주회사의 주된 사업의 기준을 갖추었으나 지주회사 전환신고를 하지 않은 경우, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령」 제2조제1항제2호의 “사업연도 종료일 이전의 자산총액을 기준으로 지주회사 전환신고를 하는 경우에는 해당 전환신고 사유의 발생일 현재의 대차대조표 상의 자산총액이 1천억원 이상인 회사” 부분을 적용하여 지주회사 전환신고가 없더라도 해당 전환신고 사유의 발생일 현재의 대차대조표 상의 자산총액이 1천억
원 이상인지 여부를 기준으로 위 회사가 「조세특례제한법」 제120조제6항제8호에 따라 「지방세법」 제105조제6항에 따른 취득세가 면제되는 지주회사에 해당되는지를 판단할 수 있다고 할 것입니다.
  ○ 따라서 설립등기 당시에는 자산총액이 1천억원 미만이었던 회사가 같은 해 자회사의 주식을 취득하여 자산총액이 1천억원 이상이 되었고 지주회사의 주된 사업의 기준을 갖추었으나 지주회사 전환신고를 하지 않은 경우, 위 회사는 「조세특례제한법」 제120조제6항에 따라 취득세가 면제되는 지주회사에 해당됩니다.